反滲透系統的故障現象主要有三類：
　　透水量減少、鹽透過率增大以及壓降增大，反滲透系統出現故障會導致脫鹽率的下降和產品水量的降低，如果二者或其中之一緩慢地降低，則可能是污垢或水垢產生的常見現象，可以通過清洗反滲透系統來解決問題。

1．評估反滲透系統機械和化學問題
　　反滲透系統機械問題主要是O形圈的損壞、鹽水密封的損壞、泵的損壞、管道和閥門的損壞、不精確的儀表等。反滲透系統化學問題一是酸添加的不適當，高劑量的酸會損壞膜或引起基于硫酸鹽的結垢，低劑量會導致碳酸鹽或基于金屬氫氧化物的垢或污染；二是阻垢劑添加的不適當，高劑量可能導致污染，低劑量可能導致結垢。

2．鑒定反滲透系統污染物
　　一是分析進料液、鹽水和產品液的無機成分，總有機碳(TOC)、濁度、pH值、TDS、總懸浮固體(TSS)、SDI和溫度，其中SDI、TSS和濁度的測定能提供微粒物質污染的依據，TOC的測定可預示有機物的污染傾向；二是浸漬和分析反滲透系統進料液筒過濾器或SDI過濾器濾墊。

3．反滲透系統核實儀表操作
　　包括壓力表、流量計、pH計、電導率計、溫度計等，必要時重新校正。

4．分析反滲透系統進料水化學條件的變化
　　將現行的進料水分析和設計時的基準數據相比較，進料水化學條件的變化會產生增添預處理或更新原有預處理設備的需求。

5．重新檢查反滲透系統的操作數據
　　檢驗操作記錄、通量及脫鹽率的變化，考慮溫度、壓力、給水濃度、膜的年齡等對產量和脫鹽率的影響。

6．選擇反滲透系統合適的清洗方案
　　在清洗方案的選擇中，應考慮以下因素：膜的類型和清洗劑選擇的相容性，清洗設備的需求，系統的結構材料，污染物的鑒定等。